財政補貼少 醫院“以藥養醫”
公共衛生總費用與同期國內生產總值(GDP) 之比，可以反映一定時期國家對衛生事業的資金投入力度，以及政府和全社會對衛生和居民健康的重視程度。據世界衛生組織統計，2012年，中國公共醫療衛生支出僅占 GDP 的3.03%，約為荷蘭、法國的1/3，而大多數歐美國家公共衛生費用占GDP的比例都在7%以上。30多年來，中國政府一直在削減醫院的補貼，現行制度實際上是在鼓勵公立醫院開出大量高價藥品來獲取收入，即“以藥養醫”。
高額藥品增值稅推高藥價
高昂的藥品增值稅也在很大程度上推高了中國藥價。經合組織健康委員會和歐洲制藥工業協會聯合會（EFPIA）的數據顯示，大多數國家對藥品征收的增值稅率非常低，還有一些國家標準增值稅率雖然較高，但卻對藥品實行了減讓。美國、奧地利、塞浦路斯等國不對藥品征收增值稅；英國、瑞典、澳大利亞等國處方藥的增值稅率也為0%；荷蘭、法國、比利時等國藥品增值稅率不到標準增值稅率的1/3；而中國藥品的增值稅率高達17％，約為歐洲平均值（8.8%）的兩倍。
流通秩序混亂 經銷商和醫院多重溢價
除體制、醫療衛生制度因素之外，藥品流通秩序混亂、經銷商和醫院的多重溢價以及看不見的暗回扣都進一步推高了藥價。據媒體報道，制藥巨頭的物流和商務費用占藥價的7%-8%，其中物流費約2%，涉及的經銷商一般在3道左右，每道經銷商溢價5%-7%，在最后一道程序，也就是最后一級經銷商到醫院的鏈條上，通常會溢價7%-8%。此外，按照規定，內地醫院還可在實際購進價的基礎上加價10-15%。例如，在北京大學人民醫院，治療乳腺癌的赫塞汀中標價為21613元，零售價為24854.9元，加價了15%，即每賣出一盒赫塞汀，醫院可盈利3242元。
近年來，國家發改委對藥品進行了30多次降價，但藥價虛高的問題依然沒有得到解決。事實上，由于藥品復雜的流通機制，即使政府放棄藥品定價權、交由市場調節也很難降低藥品價格。要解決這個問題，一方面需要政府加大醫療衛生的財政支出，另一方面，政府要依靠法律制度的力量，建立規范、健康的藥品市場秩序，把醫藥衛生行業逐步扳回微利、公益軌道。